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华南海鲜市场早前被指是新型冠状病毒发源地。
中国科学院西双版纳热带植物园联合华南农业大学和北京脑科中心,收集了全球共享到GISAID EpiFluTM数据库中覆盖四大洲12个国家的93个新型冠状病毒样本基因组数据(截至2月12日),通过全基因组数据解析发现,武汉华南海鲜市场的新型冠状病毒是从其它地方传入。
93个样本包含58种单倍型,演化关系显示,单倍型H13和H38是比较“古老的”单倍型,通过一个中间载体(mv1,可能是祖先单倍型,也可能是来自中间宿主或“零号病人”)与蝙蝠冠状病毒RaTG13关联,并通过单倍型H3衍生出单倍型H1。
研究人员指出,与华南海鲜市场有关联的患者样品单倍型都是H1及其衍生单倍型H2,H8-H12,而一份武汉样品单倍型H3与华南海鲜市场无关。
可见,华南海鲜市场的新型冠状病毒是从其它地方传入,再在市场发生快速传播并蔓延。
另根据病患发病时间记录和种群扩张时间推断,也印证了华南海鲜市场不是病毒发源地的推论。
此外,研究人员对H13和H38的病毒样品溯源发现,分别来自深圳的病患(广东首例)和美国华盛顿州的病患(美国首例)。
他们的旅行记录表明都是2019年12月底至2020年1月初在武汉被感染。现有武汉样本中没有检测到H13和H38单倍型。
研究还显示,新型冠状病毒在2月12日前发生过2次明显种群扩张:一次是2019年12月8日,该结果暗示病毒可能在12月初,甚至11月下旬已开始人际传播,随后在华南海鲜市场加快;另一次种群扩张发生在1月6日。
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